No ano de 2029, os avanços na Cibernética permitem que as pessoas substituam quase todas as suas partes do corpo e órgãos por robótica. Através dessas próteses, os fracos são fortalecidos, e os moribundos recebem nova vida. Seção 9 da Segurança Pública da Cidade de Niihama (um cenário fictício inspirado em Hong Kong), uma equipe diversificada de IA, ciborgues e humanos não modificados, devem investigar casos de corrupção e terrorismo. O major Motoko Kusanagi tem próteses de corpo inteiro, devido a um acidente na infância. Ela, sua segunda em comando Batou e especialista em informações Ishikawa foram atribuídas uma tarefa importante: investigar um hacker conhecido apenas como "O Mestre Puppet". Mas, como Motoko e sua equipe descobrem, as coisas nunca são tão simples. Ghost in the Shell é um thriller futurista com cenas de ação intensa misturadas com sequências artísticas mais lentas e muitas questões filosóficas sobre a alma, gênero e identidade humana em uma era de tecnologia tão avançada.