Depois de conquistar a galáxia, a humanidade atingiu seu ápice e agora está em constante declínio. Os recursos do universo estão diminuindo e cerca de 500 bilhões de humanos começam a voltar para casa na Terra. Assim começa uma guerra entre as várias facções humanas pelo controle do planeta. Eventualmente, um governo autoritário conhecido como Sanção de Gaia impede a re-população da Terra. O capitão Herlock era um da Ala Elite encarregada pela Sanção de Gaia de defender a Terra. Sua frota de navios era imparável sob seu comando. No entanto, a Sanção de Gaia permite que uma elite diplomática imigrar para a Terra, o que irrita Herlock. Ele fica desonesto e atira contra os diplomatas e o resto de sua frota. Ele decide liberar matéria escura no planeta para torná-la inabitável, mas também se envolve nela, o que o imortaliza. Cem anos se passaram, e o lendário capitão Herlock ainda está livre, com apenas a Arcádia sob seu controle. A Sanção de Gaia continua com seus planos de controle sobre a Terra, enquanto oculta seu verdadeiro estado. Mas o capitão Herlock está se preparando para um confronto final com eles, o que determinará o destino do mundo!
